Основною структурою Babylon Protocol є блокчейн Babylon, який є POS-блокчейном, побудованим на Cosmos SDK і сумісним з Cosmos IBC. Він забезпечує агрегацію даних і зв'язок між ланцюжком Bitcoin та іншими ланцюжками додатків Cosmos. Користувачі можуть заблокувати Bitcoin у мережі Bitcoin, щоб забезпечити безпеку для інших ланцюжків споживання POS, отримуючи винагороду за стейкінг. Babylon дозволяє Bitcoin використовувати свої унікальні функції безпеки та децентралізації, щоб забезпечити економічну безпеку для інших POS-ланцюгів.