Struktur inti dari Protokol Babylon adalah blockchain Babylon, yang merupakan blockchain POS yang dibangun di atas Cosmos SDK dan kompatibel dengan Cosmos IBC. Ini memungkinkan agregasi dan komunikasi data antara rantai Bitcoin dan rantai aplikasi Cosmos lainnya. Pengguna dapat mengunci Bitcoin di jaringan Bitcoin untuk memberikan keamanan untuk rantai konsumsi POS lainnya sambil mendapatkan imbalan staking. Babylon memungkinkan Bitcoin memanfaatkan fitur keamanan dan desentralisasi uniknya untuk memberikan keamanan ekonomi bagi rantai POS lainnya.